In AVEN, il processo di valutazione e selezione dei principi attivi da mettere in gara ruota attorno al lavoro della Commissione del Farmaco AVEN (CF AVEN) e dei gruppi di lavoro da essa attivati.
Per favorire il massimo coinvolgimento dei clinici nel processo di selezione dei farmaci e assicurare una buona collaborazione con le Aziende Sanitarie dell'AVEN, la Commissione del Farmaco AVEN si avvale della collaborazione dei gruppi di lavoro con competenze specifiche sulle classi di farmaci oggetto della valutazione.

I gruppi di lavoro sono permanenti e vengono attivati a seconda delle necessità:

A ciascun gruppo partecipano almeno tre membri del CeVEAS, che garantiscono il supporto metodologico e organizzativo, coordinano le attività, effettuano la ricerca bibliografica e si occupano della stesura delle bozze delle schede di valutazione, delle tabelle delle evidenze e dei verbali delle riunioni fino alla stesura delle versioni finali approvate.
Ciascun gruppo si compone di specialisti, internisti e farmacisti nominati dalle Direzioni Sanitarie delle sette Aziende partecipanti, a cui si aggiunge un rappresentante delle Direzioni Sanitarie. Inoltre alle riunioni dei gruppi di lavoro sono invitati il Presidente della CF AVEN e i Presidenti dei Nuclei Operativi Provinciali (NOP) per il Prontuario Terapeutico AVEN.